El Colegio San Francisco de Temuco Chile, es regentada en la actualidad por las Hermanas Franciscanas Misionera de la Inmaculada de fundación ecuatoriana, bajo el lema: “60 años formando a niños y jóvenes como agentes de Paz y Bien”, centrando su filosofía Educativa en la vida y obra de sus fundadores: San francisco de Asís y la Venerable Serva de Dios María Francisca de las Llagas, para conducir al reconocimiento de la Divinidad, al servicio de la Iglesia y responder con optimismo humano a lo que el mundo de hoy está pidiendo.

Es así como en el año de 1961, Sor Francisca de las Llagas atiende las reiteradas peticiones que hicieran los Frailes Franciscanos de la República de Chile, por medio del Custodio Fray Clemente Pérez, envía a las primeras misioneras: Madre Clemente Peñafiel Vicaria general, Madre María del Buen Consejo Mora, Madre Agusta Elena y Madre Rosa de Viterbo, para liderar el Colegio San Francisco en la ciudad de Temuco. Dicho Colegio estaba a cargo de los Frailes Franciscanos y financiado por un conjunto de empresarios de la ciudad, pertenecientes a la parroquia Nuestra señora de Lourdes. Esta agrupación fue la gran bienhechora del Colegio, quienes acompañaran y ayudaran afectiva y materialmente a las Hermanas en todo el proceso para hacerse responsables del Establecimiento.

Con fecha 21 de noviembre de 1961, el Ministerio de Educación de Chile, otorga la resolución N°4306, de la Dirección de Educación primaria y Normal, dando inicio con la educación básica, sólo para varones, siendo las encargadas de la educación de los estudiantes exclusivamente las religiosas, se financiaba con la subvención del Estado y los aportes benéficos, los mismo que ayudaron para la construcción del primer pabellón del Colegio.

Con los años y el aumento de estudiantes se van integrando profesores laicos, y por ende teniendo la dirección del Colegio alterna entre laicos y religiosas. En el año 1981, el Colegio pasa a ser mixto y más tarde en el año de 1995, se acoge a las nuevas políticas gubernamentales del país adoptando la modalidad de ser particular Subvencionado con Financiamiento Compartido hasta la actualidad. Desde el 26 de marzo de 1998, según la resolución N°0315 el Colegio pasa a tener la educación Media. En la actualidad el colegio cuenta con 860 estudiantes y con todos los niveles de Educación.