El Rvdo. Padre Franciscano Jaime Mola, español, funda la institución educativa de Música Sacra dependiente de la Conferencia Episcopal Ecuatoriana, con el propósito de brindar ayuda a los religiosos y religiosas jóvenes, con aptitudes artísticas en el área de la música para animar las celebraciones litúrgicas. Es así que, mediante Acuerdo Ministerial Nº 272 del 7 de febrero de 1968, el Ministerio de Educación concede la autorización para el funcionamiento del Instituto Interamericano de Música Sacra.

Años más tarde, con Resolución Ministerial Nº 2272 del 27 de junio de 1994, se autoriza el funcionamiento del ciclo posbachillerato en el Instituto de Música Sacra, destinado a la formación de docentes en arte musical a partir del año lectivo 1994-1995, y se le asigna el nombre de Instituto Superior de Música “Jaime Mola”. Con oficio DM de 14 de marzo de 2000 la Hna. Guillermina Proaño religiosa franciscana, Directora del Instituto Superior de Música “Jaime Mola”, solicita el cambio de denominación a CONSERVATORIO DE MÚSICA “JAIME MOLA”.

El 12 de diciembre del 2000, el Ministerio de Educación reconoce la categoría y la denominación de CONSERVATORIO DE MÚSICA “JAIME MOLA”, con Resolución Ministerial Nº 3135, luego de que la Hna. Guillermina Proaño, Religiosa Franciscana Misionera de la Inmaculada, realizara la construcción de una infraestructura moderna y adecuada para este fin.
El Consejo de Educación Superior del Ecuador (CONESUP), sobre la base de la documentación presentada por el CONSERVATORIO DE MÚSICA “JAIME MOLA” de la ciudad de Quito, le otorga el registro institucional Nº 17-085 en el Nivel Tecnológico, para extender la formación de los estudiantes al nivel de Tecnológico Musical.

El 24 de marzo de 2015, mediante Acuerdo Nº MINEDUC-ME-2015-00065-A, el Ministerio de Educación expide el Currículo del Bachillerato Complementario Artístico en la especialidad de Música, con una formación de once años. En la actualidad el Conservatorio Superior de Música Jaime Mola ofrece las siguientes especialidades: PIANO, VIOLÍN Y GUITTARRA.