El Colegio Alvernia tuvo su inicio el 13 de septiembre de 1962, cuando la señora Mercedes Elena Salvador dio inicio a una obra educativa.

El 11 de septiembre la Dirección Provincial de Educación, emite el informe del permiso de funcionamiento, El año escolar se dio inicio el 8 de octubre de 1962, con el nombre de Colegio Alvernia – Fundación Mercedes Elena Salvador, con 27 niñas, distribuidas en 1er. Grado, 2do. Grado y el 3er. Grado; ya que la Dirección de Educación solo autorizo el funcionamiento inicialmente de tres grados.

De 1966 a 1972 asume la dirección del Colegio la Hermana Rosalía Guayasamín, con ayuda de su familia, el trabajo sacrificado y tesonero de las hermanas franciscanas, colaboración de diferentes instituciones, padres de familia se adquiere 1500m y empieza la construcción de un edificio de 2 plantas con bases de 5 pisos.

En el año de 1987, el Colegio abre sus puertas a la sección secundaria. Las autoridades religiosas nombran para la nueva sección del Colegio a las Hnas. María del Socorro Bravo Santillán, Rectora, Sor Ana Josefina Villacreses, Inspectora General, y Sor Eulalia Ruiz Secretaria.
Con Acuerdo Ministerial No. 14, del 6 de Febrero del 2013, es aceptada como Unidad Educativa “Alvernia” oferta que se brinda de Inicial a Bachillerato Unificado.

De esta gran obra Educativa para Dios, la familia y la Patria nace un nuevo ambiente de fe, amor, humildad, alegría, calidad, calidez al ver la magnífica obra que Dios va entregando a las Hermanas Franciscanas Misioneras de la Inmaculada que cuenta con el apoyo y la confianza de los pobladores del sector porque conocen del trabajo serio, responsable marcado por nuevas metas y expectativas.