En la historia de Milagro, el 18 de agosto de 1933, es un día inolvidable, por la llegada de las Hermanas Franciscanas Misioneras de la Inmaculada, gestión realizada por el párroco Reverendo Padre Fray PEDRO PABLO PERALTA OFM

El San José se hace realidad, en una vetusta casa de la calle García Moreno en intersección con Pedro Carbo. Hasta obtener la licencia oficial, se abren cursos especiales de Música, Corte y Confección y Bordado a máquina. Ya en 1934, se inicia el primer año lectivo con la sección primaria, contando además con internado y semi- internado

En el año 1955, se crea la sección secundaria, gracias a la Madre Gabriela García Moscoso, quien logra fundar para satisfacción de la ciudadanía Milagreña. Al iniciar el año lectivo 1997 – 1998, la Unidad Educativa cuenta con nueva autoridad, la Hna. Elsa Reinoso Escobar, dándole una nueva imagen al plantel. Le toca emprender la Reforma Curricular de la Educación Básica, se preocupó de preparar a los maestros mediante seminarios dictados por notables profesionales de la Educación, lo que permitió elevar el nivel académico y, sobre todo, esa integración de padres, maestros y alumnos.

La obra de las religiosas no solo fue en la educación, también ganarse el corazón del pueblo, el cariño de los niños, cual mariposas se acercan a la luz, así se acercaron a ellas para escuchar sus sabios mensajes y la palabra de Dios. Somos una institución católica franciscana en la que se imparte una educación de calidad y calidez humana, brindando una formación integral, con docentes capacitados, aplicando el enfoque socio-constructivista en corresponsabilidad a las necesidades y desarrollo del país con compromiso social y el cuidado del medio ambiente