Después de varias conversaciones y discernimientos las Autoridades de la Congregación con los Padres Capuchinos, en el gobierno de Madre Juana Inés García Moscoso, Superiora General y en la administración Apostólica de Monseñor Clemente de la Vega, primer Obispo de la Diócesis de Tulcán .Un 24 de septiembre de 1981, llegan la Hermanas Franciscanas Misioneras de la Inmaculada a fundar la Comunidad religiosa, quienes son recibidas por estudiantes, padres de familia, personal Docente y autoridades de la Ciudad. Para conmemorar este acontecimiento participan de una solemne Eucaristía de acción de gracias, después pasan a la sesión solemne, en la cual el P. Benito Andueza, Superior Provincial de la Comunidad Capuchina de Ecuador agradece a la Madre General por haber dado a Tulcán una fraternidad religiosa al servicio de la juventud e hizo la entrega simbólica de las escrituras de donación del edificio.

El colegio San Antonio de Padua que fue fundado en 1976, estaba a cargo de los Padres Luis Fuerte y Carlos de la Vega, Capuchinos, pasa a manos del Instituto.

La Comunidad quedó conformada con las Hnas.: Mercedes Quinde Burneo, Superiora de la Comunidad y Rectora del Colegio, Hna. Gertrudis Maya, Vicaria y maestra de Aspirantes, Hna. Elsa Córdova Guevara, secretaria del Colegio y Hna. Dora Quintanilla Coba.

La Hna. Mercedes Quinde rectora, desde el inicio de la fundación, su preocupación fue el conseguir partidas y nombramientos para los Docentes hasta que se logró hacer un convenio con el Ministerio de Educación, llegando a ser el colegio Fiscomisional, cubriendo así el gobierno Nacional los sueldos de los Docentes y el pago de los servicios Básico. La comunidad se encargaría poner el edificio, el mantenimiento, la dirección y administración del mismo, razón por la cual los padres de familia no pagan pensión, sino dan un aporte simbólico al inicio del año, para cubrir el pago del personal de apoyo.

Al ver la necesidad de que los estudiantes se vayan formando desde las tiernas edades y hacen eco de las palabras de nuestra Madre Fundadora ¨Hagan reinar a Jesús en el alma de las Niñas y del pueblo por el buen ejemplo¨(V. María Francisca de las Llagas 29-10-1938), se funda la escuela San Antonio de Padua, idea cristalizada por la Hna. Cecilia González, en Octubre de 1999, que se inicia con el Primer Grado.

Por el tipo de enseñanza académica, formación humana y religiosa la comunidad educativa ha ido alcanzando un reconocimiento y renombre para que nuestros niños y jóvenes se eduquen en la Institución.