La Comunidad de Hermanas Franciscanas Misioneras de la Inmaculada, que regentan nuestra Unidad Educativa, llegaron al Puerto Principal en el año de 1941, año en el que empiezan su obra de educación en el centro de la urbe porteña, instalándose en una pequeña casa ubicada en los alrededores de la Catedral de Guayaquil, después de un tiempo se trasladan hasta las calles Gómez Rendón y Chile, y es en la “Villa Nati” que entra en funcionamiento el Pensionado San Antonio de Padua, con aproximadamente 30 niñas de escasos recursos, las mismas que son atendidas en la educación, hospedaje, alimentación y cuidado por parte de las Hermanas de la Comunidad.

En el año de 1957, con el esfuerzo, trabajo y dedicación de las Hermanas Franciscanas y de algunos benefactores, fundan el Colegio San Francisco de Asís, el mismo que se erige en las calles Carchi 2800 y San Martín, lugar donde hoy es su sede actual. A partir de entonces la obra de pastoral educativa de la comunidad franciscana se extiende a un número de 1200 estudiantes, educando con la filosofía de “Pedagogía del Amor”.

Actualmente nuestra oferta educativa es de Educación Inicial a Bachillerato General Unificado, ofreciendo a la Comunidad Educativa una educación en lo científico, en valores humanos y cristianos. En todo este tiempo la Unidad Educativa San Francisco de Asís de la ciudad de Guayaquil, ha graduado a 5.546 bachilleres de la Republica.